
Cuando Chuck Bartowski abrió un e-mail enviado por su ex amigo Bryce Larkin, sus ojos se vieron bombardeados por cientos de imágenes aparentemente inconexas, un mensaje codificado subliminalmente. Lo que realmente ocurrió es que un superordenador conocido como Intersect, repleto de secretos de estado, descargó todos sus contenidos en su cerebro justo antes de ser destruido. Desde entonces, el destino del mundo está en sus manos, las de un insignificante dependiente de una tienda de electrónica, un “freak” de los ordenadores muy poco dotado para la vida en el mundo real. Convertido en agente secreto, tendrá que enfrentarse a asesinos y terroristas internacionales, bajo la estrecha vigilancia y protección de los agentes John Casey, de la NSA, y Sarah Walker, de la CIA. Además, deberá evitar que sus seres más cercanos (básicamente su hermana y su impresentable amigo Morgan) descubran la verdad sobre su doble vida.
La segunda temporada arranca con la noticia de que una segunda versión de Intersect ha sido creada, por lo que, en apariencia, Chuck puede volver a su vida normal e incluso tratar de iniciar una relación con Sarah. Pero aunque su misión ha terminado, su cerebro sigue albergando el Intersect original, lo que le convierte en un individuo peligroso, por lo que John Casey recibe la orden de acabar con él. Sin embargo, una codiciada pieza fundamental para el funcionamiento de Intersect 2.0 cambiará de manos y hará que todo se complique mucho más de lo previsto. A lo largo de los nuevos capítulos Chuck tendrá que lidiar con los agentes de la organización enemiga Fulcrum y tratará de aclarar su relación con Sarah... y con su antigua novia, Jill, que volverá a entrar en su vida.