Jane y Maura trabajan para resolver dos asesinatos que están muy conectados con Korsak. Jane recibe una visita sorpresa y Maura recibe malas críticas de su novela.
En el inicio de la sexta temporada, parece que un detective del Departamento de Policía de Boston ha disparado a un hombre desarmado en un andén de metro. El equipo debe encontrar al verdadero asesino y limpiar su nombre.
Jane y Maura se ven inmersas en el competitivo y peligroso mundo de la pesca de competición, ya que un importante pescador ha sido asesinado. Frankie tiene que pagar una apuesta que ha perdido.
Jane y Maura acuden a una instalación de investigación de la descomposición del cuerpo humano cuando una víctima de asesinato aparece enterrada entre los cadáveres de investigación. Angela tiene secretos que no ha contado a Jane.
El asesinato de un importante ladrón envía a Jane y Maura al mundo de los atracos y las falsificaciones, y Jane tiene que lidiar con un agente del FBI con demasiado interés en el caso. Además, Angela tiene un nuevo hombre en su vida.
El asesinato de un técnico de escenas del crimen conmociona al equipo. Cuando se levantan sospechas de que el técnico podría haber alterado pruebas de los casus del Departamento, Maura es suspendida.
El equipo tiene buenas noticias en un caso de asesinato: hay un testigo. El problema es que el testigo padece prosopagnosia, incapacidad para reconocer los rostros, y no puede identificar al asesino. Los Rizzoli reciben a un familiar.
Una chica de 16 años aparece asesinada y encerrada en una jaula, y Jane y Maura se enfrentan a los dilemas éticos de un siquiatra y la forme oposición de un exigente fiscal a la hora de encontrar al asesino.
El joyero de la élite de Boston muere, y la investigación conduce a un miembro de la familia Isles… lo que lleva a un secreto que Maura ha estado guardando prácticamente toda su vida.