Segunda temporada de esta serie protagonizada por la agente Harlee Santos, una madre soltera que vive en Nueva York, comienza a trabajar para el departamento de lucha contra la corrupción del FBI. Al mismo tiempo se ve implicada en un caso de sobornos a otros policías.
Hodiak investiga el asesinato de una estrella de Hollywood, lo que le lleva a enfrentarse a una poderosa productora que quiere que el crimen permanezca impune.
Tras la valiente confesión de Harlee de que ha estado informando al FBI, sus compañeros no saben cómo afrontar su traición y la de Wozniak. Los agentes se plantean un plan desesperado para neutralizar a Bianchi.
Wozniak decide ir a por Bianchi cuando esté rompe su acuerdo. Harlee aprovecha la ocasión para proponer una misión ilegal consistente en pagar la deuda del hermano de Tufo a un narcotraficante de la zona.
Holmes investiga el intento de asesinato a su padre mientras intenta resolver el triple homicidio de unos gangsters chinos. Un secreto sobre la madre de Sherlock será revelado.
Watson se encuentra con el Capitán Gregson y su novia secreta, una ex policía del NYPD. Holmes y Watson investigan el asesinato de una mujer rica que le ha dejado toda su herencia a su querido perro.
Holmes y Watson investigan la muerte del hermano de Henry Baskerville, un socio de Morland. Descubren que hay un testigo que vio a un animal demasiado fantástico para ser real persiguiendo al hombre hasta matarlo.
Cuando un vigilante disfrazado de un héroe de un comic es asesinado, Holmes y Watson intentan averiguar la verdadera identidad del hombre y localizar a su asesino. Moreland quiere convencer a Watson para que esta le haga un favor.
Llaman a Holmes y a Watson para que resuelvan el caso de un doctor desaparecido. En un principio no está claro si el doctor se está escondiendo o de si es víctima. La relación entre Holmes y Fiona toma un nuevo giro.
Una cantante madura, que se hacía llamar Julie Garland, aparece asesinada en el club de Jazz en el que solía cantar. También desaparece el pianista que tocaba para ella.
Cuando las pruebas de un caso son destruidas, Holmes cree que identificar uno de los cadáveres le ayudará a desbloquear el caso. Mientras Watson, lidia con la reaparición de un antiguo adversario.
Sherlock es reclutado para robar el ordenador de un violento motero traficante de metanfetamina. Mientras, uno de los sospechosos de un caso anterior le pide a Joan que mire los antecedentes de su nuevo jefe.
Un grupo de aficionados a las setas aparecen muertos. Holmes y Watson deberán investigar a una serie de botánicos, bioquímicos, académicos y drogadictos para encontrar a alguien que les haya podido envenenar.