Cuando aparece el cadaver de Art Gladner, un narcotraficante, el principal sospechoso pasa a ser Mike, el confidente que trabaja para Shafe. El agente Hodiak accede entonces a ayudar a su compañero a exonerar al soplón.
La investigación sobre el asesinato de Art lleva a Hodiak a interrogar a su viuda, Lucille. Mientras tanto, Manson oculta a Emma, lo que no evita que Hodiak la encuentre y la devuelva a su hogar.
Tras darse cuenta de que nada le impedirá a Stahl detener a Julia Ayres, Harlee decide emprender una investigación por su cuenta para descubrir si son ciertas las acusaciones de que Ayres tiene relación con la mafia.
La mafia decide vengarse de Harlee haciendo que parezca culpable de asesinato. Entre tanto, Wozniak lucha por mantener a su equipo a salvo cuando aparecen pruebas de un antiguo crimen.
Morland se ofrece a actuar como uno de los asistentes "Irregulares" de su hijo para dejarles a Sherlock y Joan fuentes considerables que les ayuden a resolver el caso.
El duo se enfrenta a un enemigo muy inteligente que les fuerza a pensar más allá de sus límites. Mientras, los problemas entre Watson y su padre se hacen visibles cuando él decide escribir un libro sobre ella y Holmes.
Sherlock cree que Watson y el Detective Bell están teniendo una aventura. Una serie de eventos aparentemente interconectados ocurren después de un asesinato y fuerzan al detective a cuestionarse su propia teoría en cada paso.
Un billonario ruso es asesinado en Nueva York y Holmes y Watson se embarcan en varios casos de hackeos y tráfico de armas. Mientrastanto, un secreto sobre Morland, el padre de Sherlock, será revelado.
Una trabajadora social les pide a Holmes y a Watson que investiguen una universidad privada, ya que está convencida de que han matado a uno de sus compañeros.
Morland se ofrece a usar su influencia para que Sherlock y Joan vuelvan a integrarse en el Departamento de Policía de Nueva York, pero la desconfianza del padre de Sherlock, le hacen cuestionarse su validez como ayudante.
Sherlock y Watson están de vuelta en el Departamento de Policía de Nueva York investigando un doble homicidio. Sherlock le ofrece sus servicios de asistente a su padre para ayudarle a terminar sus negocios en Nueva York.
Cuando Holmes y Watson investigan el asesinato de una técnico de un laboratorio de fertilidad, descubren que la mujer tenía una vida secreta que les lleva a múltiples sospechosos.
Los agentes Hodiak y Shafe se enfrentan mientras investigan el asesinato de una anciana. Mientras tanto, Manson obliga al padre de Emma a presentarle a un empresario musical.